Ziel ist es, die Region wieder bewohnbar zu machen. Wege werden angelegt, Felder vorbereitet, Häuser errichtet. Schon nach kurzer Zeit tauchen die ersten Pokémon auf und beginnen, beim Aufbau zu helfen. Ein Schiggy kümmert sich um Wasserquellen, ein Bisasam lässt neue Pflanzen wachsen, andere Arten bringen Fähigkeiten mit, die beim Sammeln von Ressourcen oder beim Ausbau der Siedlung helfen. Aus einzelnen Aufgaben entsteht langsam ein Ort, der sich immer weiter verändert.
Diese Struktur erinnert an klassische Aufbau- und Lebenssimulationen. Doch »Pokopia« nutzt die Besonderheiten der Pokémon-Welt konsequent aus. Jede Kreatur bringt eigene Eigenschaften mit, die nicht nur kosmetisch wirken. Manche Pokémon können Gelände verändern, andere beschleunigen Produktionsprozesse oder öffnen neue Wege in bislang unzugängliche Regionen. Wer neue Bewohner anlockt, erweitert damit automatisch die Möglichkeiten des Spiels. Fortschritt bedeutet also nicht nur größere Gebäude oder bessere Werkzeuge.